公投綁大選造成許多問題，除了導致民眾投票時大排長龍外，邊開票、邊投票的情形更是引發高度爭議。國民黨立委林奕華今天(3日)在立法院內政委員會質詢時表示，她手中握有證據，投票當天有人在下午4時後抵達投票所卻還能排隊投票，多個設置為投開票所的國小因教室連在一起，還在排隊投票的民眾可以聽到隔壁已經開始開票、唱票的聲音。對此，中選會副主委陳朝建表示，投票結束後即轉為開票所，這是依據法令規定辦理。
林奕華指出，中選會在投票當天宣布4時前抵達投票所的民眾仍可投票，投票所的警衛會於4時站在隊伍末進行管制，但有人向她投訴，台北市某投票所發生民眾在4時後抵達仍能排隊投票的情況，她會把具體資料提供聲請驗票的國民黨台北市長候選人丁守中。
林奕華表示，台北市共有1,563個投開票所，其中277個在晚間6時後才開始開票，30所在晚間7時後才開始開票，最晚開票的是位於台北市社子國小的士林區第0211投開票所，直到晚間8時30分才開始開票。她質疑如果真的4時就截止投票，怎麼可能需要好幾個小時才能消化完排隊人潮，這數字不合理，她合理懷疑有人4時後仍進到投票所，且她有具體證據。
此外，林奕華指出，台北市1,563個投票所中，設在學校的佔了四分之三，許多教室都連在一起，以北投國小為例，有的投開票所在下午4時36分開票，有的在晚間6時開票；社子國小有下午5時多開票，最晚的則是晚間8時半，所以有民眾還在排隊投票時，隔壁的投票所已經在開票，民眾即便不使用手機，也會被迫聽到唱票的聲音，這是非常離譜的事，會影響投票行為。
對此，中選會副主委陳朝建表示，當天有落實選務人員下午4時一到就站在隊伍末管制的作法，投票所完成投票隨即轉為開票所也是法令規定。
