這次公投綁大選亂象叢生，引發強烈民怨。學者分析認為亂象的主因是成案到投票的時間太短，嚴重壓縮選務準備時程，面對1年後的總統大選，必須改善投票動線、設備配置與人力規劃。學者也認為應該拉長公投的社會討論時間，不該匆促投票，才能反映真正的民意。
公投綁大選 選務大亂
這次公投綁大選綁出重重問題。由於修正後的公投法大幅降低提案、連署門檻，各式公投案傾巢而出，為了提高投票率，提案人也都趕著與「九合一」選舉同時舉行，最後共有10個公投案合併投票，導致選民投票時大排長龍，不但有人因為不耐久候而放棄投票，甚至出現邊開票、邊投票的情況，引發極大爭議，國民黨台北市長候選人丁守中更因此聲請驗票，並揚言提出選舉無效之訴。
修正後的公投法上路不到1年，在缺乏配套措施及時程緊迫的情況下，導致台灣有史以來最混亂的一次投票，雖然中選會事前曾多次模擬、增派投票所人員、改變投開票方式，但準備時間仍不夠充裕，加上臨時應變能力不佳，都讓民眾怨聲載道。
2020年1月馬上又要舉行總統大選，屆時可能又有許多公投案將合併舉行，這次9合1選後的檢討工作已刻不容緩，若要在維持既有傳統投票方式的情況下避免同樣的問題再次發生，就必須重新檢討設備的配置及動線的規劃。中央研究院法律學研究所副研究員蘇彥圖說：『(原音)整個投開票所的人力配置、動線，你有幾個投票的屏蔽，這些我們都需要做比較大、更充分的準備，我們甚至就是要，我的意思是在不改變台灣現在既有傳統的選舉方式情況下，至少這些東西我們要做充分的準備，要做更好的規劃。』
蘇彥圖指出，投票大排長龍的情況並非只在台灣這次選舉發生，美國雖然施行電子投票，但排隊情況也非常嚴重，在諸多限制下，這個問題其實很難避免、也不好解決；至於邊開票、邊投票的問題，因美國跨越不同時區，加上有出口民調，這個情況也同樣存在，這些都需要花時間好好討論，進一步思考解決之道。
公投案溝通少 結果難反映真民意
這次投開票大亂，追根究柢是因為公投法鬆綁，使得公投蓬勃發展，不再是花瓶式的權力，但人民真的透過這次公投展現自由意志了嗎，其實令人打上大大的問號，因為許多人根本搞不清楚這10個案子的內容到底是什麼，更別說複雜拗口的公投主文讓人讀好幾遍也看不懂。
成功大學政治學系暨政治經濟研究所教授楊永年認為，公投不是民意調查，而是慎重的決議，如果沒有充分討論，就會產生許多問題，而這次公投，從成案到投票的時間太短，嚴重壓縮討論的時間，無法讓社會好好溝通。楊永年說：『(原音)一次10個案，以前都沒有這樣啊，我們要怎樣配套措施，讓這10案都能充分討論，假設不能充分討論，是否有其他方式，下一次或者什麼樣方式，我們再來做決議，因為這公投背後其實有很多社會溝通的概念在裡面，如果沒有充分溝通討論，也會衍生出公投題目設計不友善的一個結果。』
蘇彥圖也表示，在瑞士，公投的平均討論時間達3、4年，為的就是讓大家深思熟慮。他認為台灣未來的制度也可朝這個方向思考，以確保公投結果是民眾經過充分思辨才做出的決定。
他並進一步指出，在常態性公投的國家，如果選民不清楚或是事前沒有花時間研究公投議題，通常會對改變現狀的公投投下不同意票，台灣這次卻有高達7個公投案通過，反映出台灣選民受到目前政治氛圍以及政治因素的影響，也顯示台灣在整個政治文化上還需要一段時間摸索與學習。
學者建議公投增事前反對、事後把關機制
除了公投案數量太多遭到批評，在這10案中，反同婚與適齡性平教育公投更被部分人士批評人權與教育不該拿來公投。蘇彥圖指出，有些國家明定基本權利不可公投，但要如何界定，還需要更多討論。另外，他也認為制度必須調整，除了中選會有事前審查的機制，也應該讓反對某項公投提案的人有權利提起行政訴訟，事後也該有把關機制。蘇彥圖說：『(原音)我們現在缺的是這塊，是讓他們反對某一個公投提案的人，他如果針對公投提案有疑義的話，他可以在事前去行政救濟這個機制。我們也了解，有很多東西不是，也許不完全是事前就可以完全解決的問題，所以公民投票事後，投完票之後，他還是會需要接受司法審查，這在很多國家有這樣的發展，所以即便公投過了，可能法院還是需要介入去審查，去控制它他會不會有違反憲法。』
中選會主委陳英鈐為此次選務亂象下台負責，但在野黨認為整個中選會都該總辭重組。距離2020年總統大選只剩下1年1個月的時間，時間相當緊迫，如何檢討選務、改善選舉行政作業是當務之急。
東吳大學法律系副教授胡博硯認為，新的中選會主委上任後，應推動修法，彌補上次公投法修正所造成的漏洞，也必須改革這次選務工作的技術性問題，向選民保證中選會不會再犯錯，這將成為執政黨在這次敗選後，讓選民最直接有感的改革。
